按加工方法分類
1.木化石原石：就是沒經過任何人工加工過的木化石。市場上這種樹化玉比較難找，因為只有形狀特別好的樹化玉才不拿去加工，而形狀特別好的又很少見。
2.剝皮打磨拋光木化石：由于木化石本身是樹的化石，樹都有樹皮的，這些樹皮顏色發(fā)白枯燥很不好看，只有把這一層表面樹皮剝掉，再打磨拋光出來，才顯示出木化玉的美。
3.噴砂加工木化石：當木化玉拿去打磨拋光時，由于加工工具的局限性，會完全改變了這個木化石的自然形狀。近幾年來，人們想出了用金剛砂高氣壓噴射到樹化玉表面，把表面的樹皮、雜質噴掉，留下其中的玉化層。這樣就使木化石保持原始的自然形狀，又能表露出木化石內部玉化的精美。不過，由于2010年噴砂工藝的限制，這種方法加工出來的木化石要噴上水或蠟水，才能達到打磨拋光料的光潔度。
按礦物學分類
礦物學分類為：石英木化石、玉髓木化石、蛋白石木化石。以石英為主，其次玉髓，蛋白石十分稀少。
從木化石的殘余結構分析，部分蛋白石木化石己轉變?yōu)槭⒛净?，尚見脫水作用下的彎曲裂隙殘留。中生代時期形成的蛋白石木化石，由于時間長遠，應力作用、熱力作用及陳化，現已轉變成石英木化石，只有新生代的蛋白石木化石才得到保存。
按顏色分類
1.白色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻，組成單一，細胞殘留色淺，細胞壁殘留物極少，細胞形態(tài)主要從石英、玉髓交代、充填、堆積形成的細胞輪廓判斷。樹種多以水杉，銀杏等非產樹脂性植物為主，后期浸染作用微弱。白色木化石較少見。
2.灰色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻，組成單一，細胞殘留色深，細胞壁殘留物較多，細胞形態(tài)主要從石英、玉髓交代、充填、堆積形成的細胞輪廓及明顯的細胞壁判斷。樹種多以水杉，銀杏等非產樹脂性植物為主，后期浸染作用較強?；疑净Ｒ?。
3.黃色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻組成單一，細胞殘留色深，細胞壁殘留物較多，樹種多以松，柏等產樹脂性植物為主，黃色在木化石中分布均勻，里、外一致，與原始木質相關，黃色木化石常見。另一種黃色木化石。由于Fe2O3的黃色礦物相的浸染作用，使木化石呈顯黃色，這種黃色是不均一的，有淺深之分。
4.褐色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻組成單一，后期氧化鐵質浸染并深入細胞，殘留色淺―深，細胞壁殘留物少―較多，各樹種均有。受Fe2O3的褐色礦物相浸染，使木化石呈顯褐色。在木化石中整體呈褐色者少見，大多數呈斑塊狀、花斑狀或一團團的分布。
5.紅色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻組成單一，后期氧化鐵質浸染并深入細胞，受Fe2O3的紅色礦物相浸染，使木化石呈顯紅色。在木化石中整體呈紅色者少見，大多數呈斑塊狀、花斑狀或一團團的分布，當木化石中充填、交代物為玉髓質時，常展現一種似瑪瑙狀的外貌。
6.綠色木化石：礦物純凈度高，粒度均勻組成單一，后期CuC03質浸染并深入細胞，受CuC03浸染，使木化石呈顯綠色。孔雀石呈薄膜狀附著于木化石表面及裂隙中，在木化石中常成片分布，也呈斑塊狀、花斑狀出現。
? ? ? 形成時間
硅化木從古生代石炭紀開始(始于距今3.55億年)到中生代白堊紀(結束于距今6500萬年)之間均有分布。到21世紀為止最早的木化石是石炭紀早期的裸蕨植物化石，最新的為6500萬年前白堊紀晚期的硅化木。
形成原因
古代樹木因火山噴發(fā)或地殼運動等地質作用而被埋入地下，由于處于缺水的干旱環(huán)境或與空氣隔絕，木質不易腐爛，在漫長的地質作用過程中被含硅鈣物質交換替代，替換的過程保留了木質的纖維結構和樹干的外形，使樹木變成化石。
樹木保存為化石的條件極為苛刻，樹干要想成為硅化木，先決條件是其樹干必須得到迅速掩埋，環(huán)境的特殊，與空氣隔絕這種迅速掩埋的情況畢竟是極少見的，因此，樹木成為化石的幾率非常小。
樹木被泥沙埋藏后，含豐富硅質成分的地下水溶液一邊溶解樹木的木質成分，一邊將自己攜帶的硅質成分沉淀于所溶解的孔洞中，發(fā)生物質交換替代現象。如果溶解和交替速度相等，且以分子相交換，則可保存樹木的微細結構，如年輪及細胞輪廓等。如交替速度小于溶解速度，則主要保存了樹木的形態(tài)，年輪一般不清楚。
最后，樹木的原來成分已蕩然無存，全部由含硅鈣成分的石質所取代。之后，經過壓實、固結、成巖，原來的樹木就完全變成了堅硬的石頭木化石。
硅化木其形成的主要原因：
木的石化是要經過將原先組織用分解的礦物加以替換這一程序，這礦物通常是指硅或鈣。在壓力和溫度的雙重作用下，硅與其分解時的雜質組合在一起再次結晶，通常會導致新的礦物形式出現。硅再度結晶會將木的結構加以破壞。